歷史來源
第一個淵源：源於子姓，出自商王朝王族之後裔，屬於以先祖名字為氏。
商王朝的開國君王叫“湯”，所以後史中提到商王朝的時候也多稱商湯。
湯的六代孫開始有祖乙、祖辛、祖丁、祖庚、祖甲、祖己……都曾是商王朝君王的廟號，其中的祖乙，名字叫子滕，是這些商王中最有作為的帝王，他任用巫賢為相，勵精圖治，使當時已經衰落下去的商王朝中興起來。
關於祖已的世系，一般認為是：
少典→軒轅→玄囂→蟜極→夋[夔]→契[卨]→昭明[王吳]→相土[土]→昌若[羔]→曹圉[根圉]→冥[季]→核[王亥]→微[上甲]→報丁[報乙]→報乙[報丙]→報丙[報丁]→主壬[示壬]→主癸[示癸]→履（天乙、成湯）[太乙、唐、成]→[太丁]→至[太甲]→辨[太庚]→密[太戊]→整（河亶甲）[戔甲]→滕[祖乙]→旦[祖辛]→新[祖丁]→斂[小乙]→昭[武丁]→曜[祖庚]→載[祖甲]→孝己[祖己（祖伊）]。
商王之名出自史籍《竹書紀年》中的記載，“[]”內的名號是甲古文字記載的君王廟號。
在商王朝開國君主商湯執政時期，有一個著名的左相仲虺，在仲虺的後代中，有人名叫祖己（祖伊），為仲虺之後的商王朝宰相。
據史籍《元和姓纂》和《姓譜》等書記載：“子姓，殷後，殷王祖甲、乙、丙、丁支庶因氏焉，殷有祖己、祖伊，漢有祖沂，始家涿郡，望出范陽。”
姓氏學界一般認為，祖氏得姓始祖應當從祖已起算。在殷商武丁的時間，從古籍上已經發現了最早姓祖者的史實記載，那便是當時以“道訓諫王”的賢臣祖已，這在典籍《書經·高宗彤日》中有明確記載：“高宗祭成湯，有飛雉升鼎耳而雒；祖已訓諸王，作高宗彤日之訓。”
商高宗，就是武丁子昭（公元前1250～前1192年在位），祖己時為商王朝的國相，他借用商高宗在祭祀成湯的重大典禮上，獻祭品野雉飛到了國鼎之上的現象，引道訓諫商高宗及其王子們要“仁政治國”。
按此記載，祖氏家族的得姓歷史至少在三千三百年以上。
在祖己（祖伊）的後裔子孫中，有取先祖名字為姓氏者，稱祖氏，世代相傳至今，祖氏最初是發祥於涿郡，是非常古早的姓氏之一。
第二個淵源：源於蒙古族，屬於漢化改姓為氏。
蒙古族各根義召日氏，是一個十分特殊的姓氏群體，就是世代的“守陵者”。
蒙語“各各召”是“祖墳”之意，延伸的“各根義召日”表明為更崇高的“祖陵”，多用於對蒙古民族歷史商功勳卓著的先祖、王爺、可汗、大汗等陵寢的尊稱，後有專職世襲的守陵人取之為家族姓氏，即稱各根義召日氏。
在明朝時期，有蒙古族各根義召日氏族人取姓氏的漢義改冠漢姓為祖氏者，世代相傳至今。
第三個淵源：源於滿族，屬於漢化改姓為氏。
據史籍《清朝通志·氏族略·滿洲八旗姓》記載：
⑴.滿族薩克達氏，本稱巴雅拉氏，後改以地名為氏，滿語為Sakda Hala，滿語“蒼老、老祖宗”，是一個龐大的滿族氏族部落，有諸多分支，世居寧古塔（今黑龍江寧安）、阿扈河（今黑龍江寧安南部六十公里處）、葉赫（今吉林葉赫河、伊通河、伊丹河、東遼河流域）、薩克達（今遼寧撫順峽河流域）、赫圖阿拉（今遼寧新賓永陵鎮）、那木都魯（今俄羅斯濱海地區）、德里倭赫（今遼寧撫順渾河兩岸）、黑龍江兩岸等地，所冠漢姓為多為祖氏、蒼氏、倉氏、麻氏、駱氏、李氏、高氏、海氏、薩氏、里氏、陳氏、羅氏、老氏、英氏、印氏、巴氏、色氏、臧氏、禮氏、佟氏、陀氏、翁氏等。
⑵.滿族組佳氏，滿語為Jugiya Hala，祖先原為漢族，東漢末期被遼東鮮卑烏桓部虜攜，融入鮮卑，後逐漸演化為遼東女真，世居鐵嶺（今遼寧鐵嶺），後多冠漢姓為祖氏。
第四個淵源：源於其他少數民族，屬於漢化改姓為氏。
今彝族、東鄉族、傣族、苗族等少數民族中，均有祖氏族人分布，其來源大多是在唐、宋、元、明、清時期中央政府推行的羈糜政策及改土歸流運動中，流改為漢姓□氏，世代相傳至今。

家族名人
祖 逖
字士稚。晉朝范陽遒縣人。著名北伐大將，勤奮好學，留有聞雞起舞的佳話。當時晉室大亂，巡率部曲百餘家渡江，中流擊揖而誓言：“祖逖不能清中原而復濟者，有如大江！”元帝時，為豫州刺史，自請統兵北伐，征為奮威將軍，連戰連勝，最後攻破石勒，收復黃河以南全為晉土。在豫州刺史任內，勤政愛民，死時，豫州人民，痛哭流涕，如喪父母。
祖 約
東晉范陽遒縣（今河北省淶水）人，祖逖之弟，為成皋令，字士少。隨逖過江南來。晉元帝太興三年（321年）祖逖死，祖約以侍中出代逖為平西將軍、豫州刺史，繼統其部曲。（鹹和三年（328年）與蘇峻起兵反晉，失敗後投奔後趙石勒，為其所殺。祖約既是朝廷命官，又是各自所統流民之帥。
祖 詠
洛陽（今屬河南省）人，後遷居汝水以北，開元十二年進士。曾因張說推薦，任過短時期的駕部員外郎。詩多狀景詠物，宣揚隱逸生活。其詩講求對仗，亦帶有詩中有畫之色彩，其與王維友善，蓋“物以類聚，人以群分”或“近朱者赤，近墨者黑”故也。代表作有《終南望餘雪》、《望薊門》、《七夕》、《汝墳秋同仙州王長史翰聞百舌鳥》、《陸渾水亭》、《家園夜坐寄郭微 》、《送丘為下第》、《古意二首》等，其中以《終南望餘雪》和《望薊門》兩首詩為最著名。《望薊門》詩描寫沙場塞色，寫得波瀾壯闊，令人震動，其中“萬里寒光生積雪，三邊曙色動危旌”為有名的佳句。
祖沖之
字文遠，南朝宋范陽薊人，為南北朝時期著名的科學家。精研數學、天文和機械製造方面都有很大成就。在前人研究的基礎上，他第一個把圓周率計算到小數點後第六位3.1415926到3.1415927之間，這在當時世界上是最精密的。他還提出密率值的計算，比歐洲早了 1000多年。數學著作有《綴術》和《九章術義注》，均失傳。他根據數理，研究天文曆法，制訂出一部比較準確的《大明曆》。他製造的千里船、水碓磨和指南車。
祖孝孫
唐朝幽州范陽人。博學，精通曆算。參定雅樂、京房律法，演12律60音。後受命與秘書監竇班修定雅樂，斟酌甫北，考以古音，制12樂合32曲84調，作為大唐雅樂。時鏇宮之義，亡絕已久，一朝復古，自孝孫始。
祖大壽
字復宇，遼東（遼寧省遼陽）人。明末為前鋒總兵持將軍印，隸袁崇煥，守錦州。因崇煥入獄，率部毀山海關東走，朝野震驚。後督兵守大凌河，為清軍久圍，糧彈盡，乞降。後屢負約，再敗而降。任總兵，致書招降甥吳三桂，從入關滅明。卒於清順治十三年（1656年）。

遷徙分布
祖氏人口總數在中國的大陸和台灣省均未列入百家姓前三百位，不過在宋版《百家姓》中排序為第二百四十九位。
今山東省的壽光縣、夏津縣，北京市的海淀區，湖北省的英山縣，上海市，天津市，河北省的藁城市、樂亭縣、福寧縣、獻縣、深縣、新樂縣、撫寧縣、定興縣、衡水市、易縣、秦皇島市、保定市、涿州市、淶水縣，江蘇省的南京市、蘇州市楓橋支英村，徐州市銅山縣、淮安市、盱眙縣侍澗村、宿遷市泗洪縣、南通市海門縣、崑山市、阜寧縣，河南省的濮陽市范縣、南陽市南召縣、開封市、商丘市、衛輝縣、固始縣、新鄉市，安徽省的池州市、安慶市、望江縣、蕭縣、樅陽縣、巢湖市廬江縣（不僅僅是廬江縣，本人姓祖，是居巢區的）、蚌埠市、滁州市、宿州市，四川省的廣元縣，吉林省的吉林市永吉縣、四平市、通化市，寧夏回族自治區，重慶市的長壽縣，湖南省的瀏陽市，福建省的德化縣、浦城縣，貴州省的貴陽市、威寧縣、畢節市，廣東省的東莞市東城區，甘肅省的張掖市，遼寧省的瀋陽市、盤錦市興隆台區、北鎮縣，香港特別行政區，澳門特別行政區，台灣省，新加坡、泰國、馬來西亞、印度尼西亞、越南、寮國、緬甸、美國、英國等地，均有祖氏族人分布。